Факультет компьютерных наук был создан в Воронежском государственном университете в 1999 году. Основной задачей нового факультета стала задача подготовки студентов по самым современным направлениям и технологиям, востребованным на рынке труда. Появление в высшем образовании такого понятия как "computer science" и все большие требования к специалистам в данной и прилегающих областях, обусловили выделения данного направления в самостоятельный факультет.

Факультет был образован на основе опыта, накопленного на факультетах физическом, прикладной математики и механики, математическом с привлечением ведущих преподавателей этих факультетов и других ВУЗов города к проведению занятий. Современная учебная и лабораторная база создаваётся в основном за счет средств, заработанных факультетом.

Организатором и идеологом ФКН явился профессор Э. К. Алгазинов — в то время заведующий кафедрой электроники на физическом факультете. Он и стал деканом нового факультета. Уже имея опыт руководителя (Э. К. Алгазинов был деканом физического факультета, проректором), он с энтузиазмом занялся организацией факультета компьютерных наук.

В сентябре того же 1999 г. был проведен первый набор студентов. Первый раз было набрано всего 38 человек.

Все занятия проходили на втором этаже 2 корпуса университета, расположенного на площади Ленина, д. 10, где и располагался на то время еще небольшой факультет.

2001 год ознаменовался появлением на ФКН собственных кафедр. 27 марта с физического факультета на ФКН была переведена кафедра информационных систем. В это время заведующим кафедры был профессор В. Г. Хромых. 1 апреля была создана кафедра программирования и информационных технологий. Ее заведующим стал доцент Н. А. Тюкачев. В августе того же года на ФКН была создана кафедра прикладной теоретической физики (в 2002 году переименована в кафедру цифровых технологий). Заведующим стал профессор С. А. Запрягаев.

Ко времени набора третьего потока студентов факультет приобрел новое лицо — в конце мая 2001 года он переехал в новый корпус, построенный во внутреннем дворе главного корпуса ВГУ. Новым адресом ФКН стала Университетская пл., 1а. С этого времени факультет стал обживаться на новом месте — улучшается материальная база, появляются новые лаборатории и с каждым годом набирается все больше студентов.

День 28 февраля 2003 г вписался трагической страницей в историю факультета — скончался заведующий кафедрой информационных систем профессор В.Г. Хромых. Новым заведующим кафедры стал профессор Э.К. Алгазинов.

Несмотря на свое недолгое существование, факультет уже имеет свою историю. За это время ФКН успел пройти путь от неизвестного факультета до того факультета, который сейчас известен всем, как Факультет Компьютерных Наук. Как и все новое, ФКН пережил и переживает определенные трудности в своем развитии. Но бесспорно, что ФКН занял свою определенную нишу среди других факультетов ВГУ.